In Star Wars: Episode I, The phantom menace (1999) Natalie Portman interpreta la regina Amidala, ovvero la madre di Luke Skywalker, prima della sua nascita. Un ruolo importante che George Lucas le ha dato dopo averne apprezzato la recitazione spontanea e la bravura. Anche se, prima di accettare la parte, non aveva mai visto la trilogia di Guerre stellari. Molti la ricorderanno nel ruolo di Matilda, la bambina protagonista del film Léon (1994) di Luc Besson. Per le scene di nudo previste, aveva rinunciato alla propria partecipazione in Anywhere but here (1999), ma il film è stato riscritto per lei. Susan Sarandon, protagonista insieme alla Portman, aveva infatti minacciato che non avrebbe continuato a girare senza di lei. Natalie parla correntemente l'inglese, l'ebraico, il francese e il giapponese.