Ma rimangono due problemi da risolvere. Due stati (il regno di Hyderabad, popolato in maggioranza da indù e governato da un musulmano e il Kashmir, a maggioranza musulmana ma governato da un re di religione induista) non aderiscono all'Unione. Decidono quindi di indire un referendum per stabilire il da farsi.
Una vera e propria consultazione popolare non si è però mai tenuta e ha lasciato il posto a una serie infinita di scaramucce e guerre religiose tra lo stato indiano e il Pakistan (vedi la storia dell'area). Conflitti che sono tuttora in corso.
Nel 1999 il Foreign Office di Londra denunciava che erano almeno 600 i talebani, armati e inquadrati dai servizi di Islamabad, che si trovavano nel territorio del Kashmir indiano, lungo i punti più caldi nei 720 chilometri della linea di cessate il fuoco. E lo stesso Osama bin Laden, insieme alla causa palestinese, ha abbracciato la questione kashmira, facendo un appello al mondo affinché gli indiani se ne vadano al più presto dal suolo dell'islamico Kashmir.
Il Kashmir è insomma un'area tanto calda quanto l'Afghanistan, ma che, con lo spettro della bomba atomica, fa sorgere immensi punti interrogativi tra diplomatici e capi di stato di tutto il mondo. Le più grandi preoccupazioni dell'intelligence dell'Occidente vanno verso Islamabad. Se il governo della capitale del Pakistan dovesse cedere sotto un colpo di stato guidato da fondamentalisti islamici filo-talebani la questione kashmira diverrebbe ancor più scottante e i talebani si troverebbero con le armi atomiche. Per questo motivo, ma non solo, i collaboratori del presidente americano George Bush hanno intessuto una fitta rete di relazioni con i paesi arabi e musulmani dell'intera area. Ma con il continuare della guerra, a Islamabad le manifestazioni dei filo-talebani continuano. E con esse il rischio di destabilizzazioni.