Nel settembre del 1999 la Russia fu investita da una ondata di attentati dinamitardi contro obiettivi di nessuna rilevanza militare che fecero circa 300 morti e 550 feriti tra la popolazione civile. La conseguenza di quegli attacchi attribuiti al terrorismo indipendentista ceceno fu la ripresa delle ostilità contro la Repubblica ribelle. La seconda guerra cecena, lanciata da Putin al grido di "prederemo i terroristi anche nei loro gabinetti" ha fatto migliaia di morti, provocato la distruzione pressoché totale di Grozny e di fatto non si è ancora conclusa. Questi i fatti sanguinosi di quel settemembre 1999. - 31 agosto 1999: esplode la prima bomba in una via commerciale di Mosca nell'ora di punta. Si contano 40 feriti e un morto.
- 4 settembre 1999: un camion carico di esplosivi viene fatto esplodere all'interno di un complesso militare nella città di Buinaksk. Muoiono 64 perdone sotto le macerie di una palazzo di cinque piani. I feriti sono 130.
- 9 settembre 1999: un potente ordigno distrugge un palazzo in una via di Mosca: 94 morti e 164 feriti.
- 13 settembre 1999: un'altra tremenda esplosione sveglia Mosca alle cinque del mattino: dalle macerie del caseggiato si estraggono 119 morti.
- 16 settembre 1999: viene colpita la città di Volgodonsk. Stessa tecnica, stesso obbiettivo: un edifico civile. 70 i morti e 72 i feriti.
- 22 settembre: nella città di Ryazan viene sventato un attentato. Alcuni abitanti di un palazzo scorgono una macchina sospetta posteggiata davanti a casa e chiamamo la polizia. Nello scantinato dell'edificio vengono trovati alcuni sacchi di polvere bianca e un detonatore. I test condotti dalla polizia locale rilevano la presenza di esplosivi e la zona viene evacuata. Ai residenti viene detto che il timer era regolato per esplodere alle 5,30 del mattino.
- 23 settembre 1999: il Primo Ministro Vladimir Putin ordina massicci bombardamenti sulla Cecenia. Nel frattempo a Ryazan le indagini sul fallito attentato prendono una direzione precisa e sembra imminente l'arresto dei primi indiziati, quando improvvisiamente dalle autorità di Mosca viene fornita un'altra versione della vicenda. Non si è trattato di un attentato bensì di una esercitazione condotta dal Federal Security Service (FSB), l'agenzia governativa erede del KGB. Nikolai Patrushev, direttore del FSB, dichiara che i sacchi contenevano zucchero e che il detonatore era finto.
L'incidente di Ryazan solleva speculazioni e sospetti sul coinvolgimento dei servizi segreti negli attentati precedenti. Il governo decide di classificare come segrete per ragioni di sicurezza nazionale le prime analisi condotte dalle autorità locali di Ryazan sul contenuto dei sacchi. Le indagini condotte sugli attentati di Mosca non hanno mai portato alla condanna di alcun terrorista ceceno. Alcuni sospettati sono stati poi rimessi in libertà dalle corti di giustizia russe.
La teoria secondo cui gli attentati sarebbero stati organizzati dai servizi segreti ha tra i suoi principali fautori Boris Berezovsky, antagonista politico di Putin, tycoon di una emittente televisiva indipedente chiusa dalle autorità di Mosca, attualmente in auto-esilio a Londra. Berezovsky, accusato di essere uno dei finanziatori della guerriglai cecena, ha co-prodotto un documentario dal titolo "Assassination of Russia" (disponibile in rete anche in inglese), che indaga sull'incidente di Ryazan. Il documentario non può essere distribuito nelle sale in Russia e gli attivisti del Partito Liberale di Berezovsky hanno subito pestaggi quando hanno cercato di organizzare proiezioni private. La teoria de complotto ha ricevuto il sostegno di Alexander Litvinenko, un ex ufficiale del FSB espatriato in Inghilterra dopo aver essere stato più volte arrestato in patria, e di Nikita Chekulin, esperto di esplosivi ed ex collaboratore del FSB. Entrambi i personaggi sono in qualche modo legati a Berezovsky. Alexander Litvinenko è anche co-autore del libro "Blowing up Russia: Terror from Within", che presenta materiale di controinformazione sugli attentati. La maggioranza pro-Putin nella Duma ha bloccato il tentativo di creare una commmissione parlamentare di inchiesta sugli attentati del 1999. La commissione indipendente formatasi e Mosca e guidata dall'attivista per i diritti umani Sergei Kovalyov ha incontrato la totale mancanza di cooperazione da parte delle autorità- Le implicazioni di questo caso sono di grande portata. Se fossero dimostrate responsabilità o complicità negli attentati da parte degli apparati di sicurezza, la leadership dell'attuale presidente Putin risulterebbe completamente delegittimata. La diplomazia occidentale si è sempre mantenuta molto cauta su questo caso. In assenza di prove conclusive sul coivolgimento del FSB, i governi europei e Usa fanno finta di non sapere. Putin viene considerato un alleato fondamentale nella "guerra infinita" al terrorismo promossa dall'amministrazione americana dopo l'11 settembre. I ceceni sono musulmani e stabilita qualche connessione tra loro e Al-Qaida funzionano benissimo come nemici comuni. La matrice cecena degli attentati non sembra del tutto convincente anche in base a una logica di costi-benefici. Quale risultato potevano attendersi i separatisti ceceni da una campagna di terrore contro la popolazione civile, rivolta contro obbiettivi disarmati e anonimi. L'effetto prevedibile fu proprio quello di scatenare la reazione russa e di aprire la seconda fase di un conflitto sanguinoso che ancora affligge il paese.